Bereits früh schloss sich der Gastwirt Wilhelm Keller der NSDAP an und machte das Dorf zu einer „Zelle des frühen Nationalsozialismus“. Mit der Machtübernahme 1933 begann die Gleichschaltung der lokalen Verwaltung. Bürgermeister Anton Blaser, ab 1936 im Amt, erwies sich als überzeugter Nationalsozialist und trieb die Politik der Ausgrenzung und Verfolgung aktiv voran. Er setzte unbequeme Gemeinderäte ab, benannte die Dorfschule nach Horst Wessel und beteiligte sich an antisemitischer Hetze. Besonders betroffen war die Familie Schrempp, die wegen jüdischer Herkunft massiven Repressionen, Diffamierungen und Gewalt ausgesetzt war.

Neben politischer Gleichschaltung kam es zu schweren Menschenrechtsverbrechen: Im Heim Rosenharz wurden bis 1941 fast 100 Menschen zwangssterilisiert. 1940 begannen Transporte von Bewohnern in die Tötungsanstalt Grafeneck – viele Männer, Frauen und Kinder aus Bodnegg und Umgebung wurden dort ermordet. Auch in Konzentrationslagern wie Majdanek und Mauthausen starben Bodnegger Bürgerinnen und Bürger. Kriegsgefangene und Zwangsarbeiter aus Osteuropa mussten im Ort arbeiten; einzelne wurden nach geringfügigen Konflikten öffentlich hingerichtet, etwa im „Henkerwald“ bei Lachen.

Trotz allgegenwärtiger Angst gab es auch Stimmen des Widerstands. Pfarrer Hildebrand sammelte Spenden für die Familie Schrempp, Gendarmeriemeister Rösch verweigerte Verhaftungen und zeigte Täter an, Bauern wie Alex Müller traten für eine menschliche Behandlung von Zwangsarbeitern ein. Sie alle riskierten Strafen bis hin zur Haft.

Mit Kriegsende wurden Unterlagen vernichtet, führende Nazis wie Blaser interniert, jedoch später teilweise entlastet.

Heute erinnert Bodnegg namentlich an 40 Opfer aus der Gemeinde - insbesondere an der jährlich stattfindenden "Stunde des Erinnerns". Eine Gedenkstätte bzw. Mahnmal des Künstlers Mirko Siakkou-Flodin auf dem Friedhof soll ihre Namen bewahren und mahnen, dass niemand wegen Herkunft, Glauben, Behinderung oder Meinung verfolgt oder getötet werden darf. Die Inschrift lautet:

„Niemals soll ein Mensch aufgrund seiner Volkszugehörigkeit, seines Glaubens, seiner Behinderung oder seiner Meinung verfolgt, vertrieben oder ermordet werden. Im Glauben an eine gemeinsame und glückliche Zukunft aller Menschen in Achtung und Respekt voreinander.“

Der „Arbeitskreis Erinnerungskultur“ der Gemeinde Bodnegg hat eine Broschüre herausgegeben, die die Zeit zwischen 1933 und 1945 dokumentiert. Diese kann hier heruntergeladen werden: